中医学现有的古籍文献中，缺乏相应病证的明确记载。现代多数医家多遵循中医治疗神志病的常规思路，认为孤独症的病位主要在心（脑），同心、肝、脾、肾关系密切，临床辨证常分为心肝火旺、痰迷心窍、肾精亏虚三型。笔者则认为孤独症病情复杂，表现多样，现有的辨证思路不够完善及系统，故通过整理相关文献及临床研究重新对孤独症中医病机进行梳理。
1.病位在心脑
《灵枢·本神》曰：“所以任物者谓之心；心有所忆谓之意；意之所存谓之志；因志而存变谓之思；因思而远慕谓之虑；因虑而处物谓之智。”丁一芸等认为其中心主“任物”“处物”，与儿童孤独症的发生相关，且由心所衍生之思者，与脾者思也，不谋而合。现代研究发现针刺自闭症模型大鼠长强穴可改善其异常行为模式，并且认为其机制可能与针刺长强穴可以下调模型大鼠海马区相关蛋白的表达有关，从而改善自闭症大鼠异常行为模式。张锡纯认为：“心脑息息相通,其神明自湛然长醒”，心与脑紧密联系，不可分割。因此孤独症病位在于心脑。
2.肾精不足
蔺晓源等提出以肾通于脑为桥梁，将“脾肾相关”理论与现代医学脑肠轴理论相联系。《灵枢·经脉》云:“人始生，先成精，精成而脑髓生”。明确指出脑髓来源于先天肾精。在经络结构上，脑与肾通过督脉和足太阳膀胱经相互沟通。病理上，脑出现病变所表现的病理改变属肾的范畴，即其外候与肾同。中医究其本质以肾虚髓空为病机，补肾中药能延缓疾病进程，提高认识能力。王素梅认为肾为先天之本，而孤独症患儿自幼智力、运动发育障碍，多责之于先天肾精不足。
3.脾胃失司
汪受传曾总结脾与小儿生长发育的关系，脾为后天之本，气血生化之源，肾中先天之精需脾胃的后天之精培补充实，小儿生长发育所需营养全赖于脾胃运化水谷精微与气血以供给。清代郑钦安所著《医书阐释》认为脾胃为五脏上下之枢机，心肾相交，水火既济，脾位于中，为沟通上下内外之枢纽。据此，认为脾脏充养后天，是五脏上下之枢机。如后天脾胃失司，则可导致先天肾精失养，肾精失养则会导致小儿出现语言倒退、神不识人等孤独症典型表现。此外，王素梅指出怪病多“痰”，而孤独症症状表现复杂怪异，故当责之于痰。脾为生痰之源，若脾失健运则痰浊蒙蔽清窍，元神不养继而发病。
4.肝失疏泄
此外，亦有一些观点认为，肝失疏泄在孤独症的发病中起到了主导作用。夏翔认为孤独症的目光回避、狂躁易怒、跑跳不休等症状为内风扰动所致，且肝失疏泄与内风扰动关系密切。郭佳认为“先天不足，肾精亏虚”并不一定导致孤独症的发生，认为孤独症存在原发性“肝”的功能异常，情志病多责之于肝，治疗应肝肾同治。
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